home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Hyper Stacks 1994 May / Hyper Stacks (Pacific HiTech)(1994)[Mac].iso / Science / Biology / SeqSpeak / SeqSpeak.README < prev   
Encoding:
Text File  |  1991-05-05  |  2.7 KB  |  59 lines  |  [TEXT/MSWD]
  1.  
  2. SeqSpeak 1.0
  3. HyperCard DNA Sequence Editor for the Macintosh
  4. May 4, 1991
  5.  
  6. Overview of SeqSpeak
  7.  
  8. SeqSpeak is a simple DNA sequence editor for the Macintosh.  Its primary
  9. purpose is to provide audio feedback during sequence entry while reading an
  10. autoradiogram.  The entry of DNA sequences has been simplified in several
  11. ways.  The keys on the keyboard used to enter sequence have been changed in
  12. order to minimize hand movement.  The mapping between keys and the base
  13. entered can be set to correspond to the order of the sequencing reactions
  14. loaded on the gel. SeqSpeak is very useful for entering sequence from paper
  15. as well. When a key is pressed, the program "speaks" back the base entered
  16. using digitized sound.  The combination of a more convenient keyboard and
  17. audio feedback enables the user to enter DNA sequence reliably without
  18. having to look up from the autoradiogram to the computer screen in order to
  19. be confident that the correct sequence has been entered.  Once the sequence
  20. has been entered, the sequence can be confirmed by having SeqSpeak read
  21. the sequence aloud while the user follows along the autoradiogram.
  22.  
  23. SeqSpeak has some additional features which will be useful to some users.
  24. These include base composition analysis and search/replace functions.  More
  25. importantly, SeqSpeak can save the sequence to a text file on disk which can
  26. be read by other Macintosh programs.  Text files are also a standard way to
  27. move information between Macs, mainframes and other computers.
  28.  
  29. Setting Up SeqSpeak
  30.  
  31. You need at least a MacPlus running System Version 6.0.5 or later and a copy
  32. of HyperCard 2.0 (2.0v2 is the latest version as of April 1991) in order to
  33. use SeqSpeak. Performance is acceptable on a MacPlus, but much better on
  34. faster Macs.  I recommend a minimum of 2 megs RAM if you are running
  35. HyperCard under Finder and more if you are using HyperCard with
  36. MultiFinder.  HyperCard's default MultiFinder application size is set to
  37. 1000K.  If you are running HyperCard under MultiFinder, increase this to at
  38. least 1500K.  If you are short of RAM, you can make more memory available
  39. to HyperCard by removing INITs from the System folder and turning off the
  40. RAM cache.  While it may be possible to run SeqSpeak from a floppy disk (I
  41. haven't tested this), performance will probably be poor. HyperCard reads and
  42. writes information frequently, so you should copy SeqSpeak and the
  43. HyperCard application to your hard disk.
  44.  
  45. SeqSpeak may be distributed freely.  Let me know what you think about
  46. SeqSpeak.  How could it be improved?  I can be reached by mail, phone, or
  47. e-mail as follows:
  48.  
  49. Dr. Keith Conover
  50. Dept. of Biochemistry
  51. Dalhousie University
  52. Halifax, Nova Scotia
  53. Canada  B3H 4H7
  54. (902) 494-3569
  55. internet: kconover@ac.dal.ca
  56. Compuserve: 72260,2107 (checked infrequently)
  57.  
  58.  
  59.